hola quisiera saber si alguien me puede dar luces de como se crean esos anuncio que cuando uno abre las paginas web aparecen por encima, es decir que son anuncios animados que aparecen y por lo general tienen un boton para cerrarlos, algo asi como aparecian los pop up pero estos son en flash con fondo transparente.

Hola.
Eso por norma general engloba 2 conceptos:

1. Una capas CSS con su propiedad z-index ajustada para que salga por encima del contenido de la web
2. Un swf con el fondo transparente que se cargará en dicha capa.

Salu2